Unterhalb der Kapuzinerkirche gelegen, ist die Kapuzinergruft die letzte Ruhestätte der meisten Mitglieder der königlichen Familie der Habsburger, einschließlich Kaiserin Elisabeth. Auf Initiative von Kaiserin Anna im Jahr 1633 wurden ihr Leichnam und der ihres Mannes, Kaiser Matthias, als erste in diesem beeindruckenden Gewölbe beigesetzt. Insgesamt wurden hier 149 Habsburger begraben, darunter 12 Kaiser und 19 Kaiserinnen. Allerdings stechen drei Habsburger durch ihre Abwesenheit hervor. Der letzte Kaiser, Karl I., wurde im Exil auf Madeira begraben, Marie Antoinette (Tochter von Maria Theresia) liegt noch immer in Paris, und Duc de Reichstadt, Sohn von Napoleons zweiter Frau, Marie Louise, wurde von den Nazis in die Hauptstadt versetzt um 1940. Außerdem sind zahlreiche Urnen mit den inneren Organen der Habsburger ausgestellt. Als Privileg ihrer Position wurden ihre Körper nach dem Tod zerstückelt und zerstreut; ihre Herzen ruhen in der Augustinerkirche in der Hofburg und der Rest in der Kapuzinergruft. Englischsprachige, einstündige Führungen durch die Krypta finden mittwochs bis samstags um 15:30 Uhr statt.