Situé sous la Kapuzinerkirche, le Kapuzinergruft est le dernier lieu de repos de la plupart des membres de la famille royale des Habsbourg, y compris l'impératrice Elisabeth. Initié par l'impératrice Anne en 1633, son corps et celui de son mari, l'empereur Matthias, furent les premiers à être ensevelis dans cet impressionnant caveau. Au total, 149 Habsbourg ont été enterrés ici, dont 12 empereurs et 19 impératrices. Cependant, trois Habsbourg se distinguent par leur absence. Le dernier empereur, Karl I, a été enterré en exil à Madère, Marie-Antoinette (fille de Marie-Thérèse) repose toujours à Paris, et le duc de Reichstadt, fils de la seconde épouse de Napoléon, Marie Louise, a été transféré dans la capitale par les nazis en 1940. De plus, de nombreuses urnes contenant les organes internes des Habsbourg sont exposées. Privilège de leur position, à leur mort, leurs corps étaient démembrés et dispersés; leurs cœurs sont dans l'Augustinerkirche de la Hofburg et le reste se trouve dans le Kapuzinergruft. Des visites d'une heure de la crypte en anglais ont lieu à 15h30 du mercredi au samedi.