Situato sotto la Kapuzinerkirche, il Kapuzinergruft è l'ultima dimora della maggior parte dei membri della famiglia reale degli Asburgo, inclusa l'imperatrice Elisabetta. Iniziato dall'imperatrice Anna nel 1633, il suo corpo e quello di suo marito, l'imperatore Mattia, furono i primi ad essere sepolti in questa imponente cripta. In totale qui sono stati sepolti 149 Asburgo, di cui 12 imperatori e 19 imperatrici. Tuttavia, tre Asburgo si distinguono per la loro assenza. L'ultimo imperatore, Carlo I, fu sepolto in esilio a Madeira, Maria Antonietta (figlia di Maria Teresa) giace ancora a Parigi e il duca di Reichstadt, figlio della seconda moglie di Napoleone, Maria Luisa, fu trasferito nella capitale dai nazisti nel 1940. Sono inoltre esposte numerose urne contenenti gli organi interni degli Asburgo. Per privilegio della loro posizione, alla morte, i loro corpi furono smembrati e dispersi; i loro cuori sono nella Augustinerkirche nell'Hofburg e il resto si trova nel Kapuzinergruft. I tour della cripta in lingua inglese della durata di un'ora si svolgono alle 15:30 dal mercoledì al sabato.