Znajdujący się pod Kapuzinerkirche Kapuzinergruft jest miejscem spoczynku większości członków rodziny królewskiej Habsburgów, w tym cesarzowej Elżbiety. Zainicjowana przez cesarzową Annę w 1633 r., jej ciało i ciało jej męża, cesarza Macieja, były pierwszymi, które zostały pochowane w tej imponującej krypcie. W sumie pochowano tu 149 Habsburgów, w tym 12 cesarzy i 19 cesarzowych. Jednak trzech Habsburgów wyróżnia się nieobecnością. Ostatni cesarz Karol I został pochowany na wygnaniu na Maderze, Maria Antonina (córka Marii Teresy) nadal spoczywa w Paryżu, a książę Reichstadt, syn drugiej żony Napoleona, Marii Ludwiki, został przeniesiony do stolicy przez nazistów w 1940 r. Dodatkowo eksponowane są liczne urny z narządami wewnętrznymi Habsburgów. Jako przywilej ich pozycji, po śmierci ich ciała były rozczłonkowane i rozproszone; ich serca znajdują się w Augustinerkirche w Hofburgu, a reszta w Kapuzinergruft. Godzinne zwiedzanie krypty w języku angielskim odbywa się o godzinie 15:30 od środy do soboty.